মোজাফফর হোসেন পেশাগত জীবনে অধ্যাপনার সঙ্গে যুক্ত ছিলেন। তাঁর গবেষণার বিষয় দর্শন-এর সঙ্গে তিনি যুক্ত করেছেন সাহিত্য, ইতিহাস, সমাজবিদ্যা। ১৯৬১ সালে রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয় থেকে দর্শনে এম.এ. ডিগ্রী লাভের পর অধ্যাপনা জীবন শুরু করেন। তিনি বিভিন্ন কলেজে বিভাগীয় প্রধান এবং অধ্যক্ষ হিসেবে দায়িত্বরত ছিলেন। সর্বশেষে ঢাকাস্থ জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় কলেজে বিভাগীয় চেয়ারম্যান হিসেবে অবসর গ্রহণ করেন। পত্র-পত্রিকায় তাঁর বিভিন্ন মননশীল প্রবন্ধ, কলাম, অনুবাদ প্রকাশিত হয়েছে।